Uuden sukupolven sekvensointilaite (NGS)

Hankinnan kohteena on multiomiikkaa tukeva uuden sukupolven sekvensointilaite (NGS) AVITI24, laitesidonnaiset kulutustarvikkeet sekä huoltosopimus. Laitteella on tarkoitus tehdä kohdennettua sekvensointia, eksomisekvensointia, kokogenomisekvensointia, transkriptomisekvensointia sekä multiomiikkaa vaativaa soluprofilointia ihmisperäisistä näytemateriaaleista. Laitteella tuotetaan erityisesti informaatiota, joka tukee syöpädiagnostiikka ja ohjaa syövän hoitoa. AVITI24 on tällä hetkellä ainoa markkinoilla tarjolla oleva laite, joka pystyy vastaamaan hankittavalle laitteelle asetettuihin teknisiin ja kustannuksellisiin vaatimuksiin. Laitteen erityisvaatimukset ovat seuraavat: Laitteella voidaan sekvensoida laajasti eri valmistajien reagensseilla valmistettuja geenikirjastoja tuore- ja FFPE-näytteistä. Sekvensointikapasiteetti vähintään 1 B sekvenssiä/40Gb-480Gb yhdessä ajossa, sekvensointipituus vähintään 2*150bp, näytteiden multipleksausmahdollisuus kymmenistä useisiin satoihin näytteisiin yhdessä ajossa, erikokoisia sekvensointi-kasetteja on oltava saatavilla (75bp, 150bp, 300bp), laitteen käyttö tulee olla helppoa ja pitkälle automatisoitua (valmiiksi pakattuja reagenssikittejä), laitteessa tulee olla kaksi erillistä sekvensointiyksikköä jossa toinen ajo voidaan aloittaa toisen ajon ollessa käynnissä, laite tuottaa vähintään > 90% Q30 laatuista sekvenssidataa 2x150bp ajossa, datan laadussa on mahdollista saavuttaa 70% Q50 ja 90% Q40 laatukriteerit erityisreagensseilla, laite pystyy valmistelemaan hybridisaatioon perustuvan sekvensointikirjaston laitteen sisällä, laitteella voidaan tehdä multiomiikkaa suoraan soluista ja kudoksista (RNA, proteiinit ja solumorfologia). Laite tuottaa sekvenssidataa markkinoiden edullisimmin kustannuksin.